UNITA' DI VARIABILITA' GENOMICA E RICERCA TRASLAZIONALE - PROGETTI

1. Identificazione di marcatori genomici, epigenomici e biochimici per la diagnosi e la prognosi nel mesotelioma pleurico maligno (PI: G. Matullo, Co-PI: S. Guarrera - Personale coinvolto: A. Allione, B. Pardini, E. Casalone, A. Russo, C. Viberti, G. Birolo, C. Di Gaetano, G. Cugliari)
• Caratterizzazione di marcatori genetici, epigenetici (metilazione del DNA, miRNA) e sierici (proteomica) associati allo sviluppo di mesotelioma pleurico maligno (MPM) in casistiche retrospettive e prospettiche.
• caratterizzazione di marcatori epigenetici e sierici associati all'esposizione ad amianto
• Identificazione di geni/varianti di suscettibilità/mutazioni germinali nel MPM mediante sequenziamento di nuova generazione
• Stratificazione prognostica dei pazienti con MPM in relazione ai cambiamenti funzionali e all'invecchiamento precoce delle cellule del sistema immunitario stimato mediante profili di metilazione

2. Identificazione di marcatori genomici, epigenomici e biochimici per la diagnosi e la prognosi nel tumore della vescica (PI: G. Matullo, Co-PI: B. Pardini – Personale coinvolto: C. Viberti, G. Birolo, C. Di Gaetano)
• Caratterizzazione di pazienti affetti da tumore alla vescica dal punto di vista genetico ed epigenetico.
• Identificazione di nuovi marcatori (metilazione del DNA, miRNA, proteine) nel sangue e nelle urine (liquid biopsy) di pazienti con tumore alla vescica che possano aiutare in una diagnosi precoce e non invasiva, e a monitorare il follow-up dei pazienti per aspetti prognostici.

3. Analisi della capacità riparativa del DNA in relazione alla suscettibilià e alla prognosi nel tumore della vescica (PI: G. Matullo, Co-PI: A. Allione – Personale coinvolto: B. Pardini, C. Viberti, C. Di Gaetano)
• Analisi delle differenze interindividuali nella capacità di riparare i danni del DNA (misurata con tre diverse metodiche: test del micronucleo, saggio della misurazione della fosforilazione dell'istone H2AX e comet assay) come biomarcatore di rischio e di prognosi per il tumore alla vescica

4. Analisi di sequenze esomiche e di interi genomi in campioni italiani e creazione di un database italiano di riferimento (Network di Genomi Italiani, NIG) (PI: G. Matullo, Co-PI: G. Birolo, C. Di Gaetano - Personale coinvolto: S. Aneli, S. Guarrera, C. Viberti, A. Allione, E. Casalone, B. Pardini, A. Russo, G. Cugliari)
• Studio multicentrico nazionale con l'obiettivo di determinare un Genoma di Riferimento Italiano e identificare differenze di frequenze geniche in varianti presenti in geni di suscettibilità per malattie genetiche.
• Sviluppo di nuove pipeline di analisi bioinformatica e di integrazione di metodi per l'annotazione e l'interpretazione della patogenicità delle varianti
• Allargamento del NIG alla raccolta di dati di pannelli genici arricchiti di geni di interesse clinico per patologie mendeliane e multifattoriali.
• Ricostruzione accurata della struttura genetica della popolazione italiana.

5. Studio di fattori di rischio genetici, epigenetici e biochimici in patologie cardiovascolari e interazioni geni-ambiente (PI: G. Matullo, Co-PI: S. Guarrera - Personale coinvolto: G. Cugliari, C. Viberti, S. Aneli, G. Birolo, A. Allione, B. Pardini, A. Russo)
• Identificazione di fattori di rischio genetici ed epigenetici (metilazione del DNA, miRNA) per patologie coronariche, ictus e fenotipi cardio-metabolici intermedi nell'ambito di collaborazioni internazionali.
• Analisi di dati genotipici di SNP arrays provenienti dalla corte prospettica EPIC-CVD (European Investigation into Cancer and Nutrition – Cardio Vascular Disease) per indagare se esiste una correlazione tra segmenti genomici identici per discendenza (IBD) o le Runs of Homozygosity (RoH) e tratti fenotipici associati a patologie coronariche.
• Analisi di dati esomici della corte EPIC-CVD e identificazione di varianti di rischio associate a differenze interindividuali nei livelli di metaboliti (metabolomica).
• Analisi della lunghezza dei telomeri nella corte EPIC-CVD come predittore di età biologica e per il miglioramento degli algoritmi di stima di rischio e di prognosi.