Bioinformatica ed analisi di dati genomici

L'unitá di Bioinformatica dell'Istituto Italiano di Medicina Genomica affronta una vasta gamma di problemi biologici derivanti da esperimenti genomici, trascrittomici ed epigenetici. Oggigiorno, gli studi di sequenziamento di nuova generazione (NGS) stanno fornendo una straordinaria quantitá di informazioni ad una velocit`a senza precedenti nella storia della biologia e della medicina. Districare la complessitá propria di questi Big Data genomici per identificare i processi biologici regolatori chiave rimane difficile. In IIGM applichiamo i piú recenti approcci bioinformatici, statistici e matematici per fornire la descrizione, l'interpretazione e la comprensione appropriata dei processi biologici dai Big Data genomici. Il nostro obiettivo `e quello di sviluppare nuovi strumenti e paradigmi per confrontare grandi serie di dati genomici e identificare modelli precedentemente nascosti associati a una malattia, con particolare attenzione alla onco-genomica. In tal senso, eseguiamo analisi finalizzate all'integrazione di set di dati NGS disponibili pubblicamente e generati internamente per migliorare la qualitá dei nostri risultati. L'unitá ha una vasta esperienza in matematica, statistica, programmazione scientifica, tecnologia di database, progettazione sperimentale, genomica e biologia molecolare. I nostri strumenti e software di calcolo sono progettati per essere altamente parallelizzabili e per sfruttare appieno le piú moderne infrastrutture di calcolo ad alte prestazioni (HPC).

Analizziamo qualsiasi tipo di dati NGS, come ad esempio:
• DNA sequencing: Whole Exome, Whole Genome, sequenziamento mirato per identificare le varianti genomiche;
• RNA sequencing per determinare l'abbondanza del trascritto e rilevare varianti spliced alternative;
• ChIP sequencing per identificare i dites attivi del legame del fattore di trascrizione o per mappare specifiche modifiche delle proteine istoniche;
• iCLIP sequencing per caratterizzare la modalit`a normativa delle proteine leganti l'RNA;
• Bisulphite sequencing per profilare la metilazione del DNA;
• Single Cell Sequencing per comprendere il trascrittoma a livello di singola cellula.


Le nostre competenze includono anche:
• visualizzazione dei dati
• sviluppo web
• programmazione in R, Python, C++, Java, Perl, PHP e Bash
• storage di big data.


Contatti:
Ing. Matteo Cereda (matteo.cereda@iigm.it)
Ing. Marco Del Giudice (marco.delgiudice@iigm.it)