Genomica del Cancro e Bioinformatica

Definizione
I nostro gruppo studia la genomica del cancro utilizzando dati di sequenziamento su larga scala per individuare e caratterizzare i meccanismi molecolari causa dell'insorgenza e della progressione del cancro. Attraverso l'uso di modelli matematici e statistici la nostra ricerca si propone di disarticolare la complessità dei dati genomici al fine di supportare una medicina personalizzata in grado di essere incorporata nella pratica clinica. L'attività del gruppo si concentra nell'individuare le alterazioni somatiche, definire l'evoluzione clonale dei tumori, e identificare nuovi meccanismi molecolari che siano punti di intervento clinico. Particolare interesse è rivolto allo studio dei fattori di splicing e al loro ruolo nell'insorgenza e progressione del cancro.

Caratteri innovativi
Con la crescita di progetti di sequenziamento di larga scala, la biologia moderna sta affrontando nuovi ostacoli causati dalla produzione massiva di data genomici. Una delle sfide consiste nell'estrarre informazioni rilevanti da questi dati ad alto volume, tenendo conto della loro intrinseca eterogeneità. La nostra unità affronta una vasta gamma di problemi biologici derivanti da esperimenti genomici, trascrittomici ed epigenetici di larga scala. Nella nostra attività applichiamo i più recenti approcci bioinformatici, statistici e matematici per estrarre dai Big Data i processi biologici associati a un fenotipo. In quest'ottica, il nostro obiettivo è quello di sviluppare nuovi strumenti e paradigmi per confrontare grandi serie di dati genomici e identificare nuovi modelli molecolari responsabili della malattia.

Responsabile Unità di ricerca
Matteo Cereda, M.Eng., Ph.D. – Junior Group Leader
Tel. +39 011 6706498
matteo.cereda@iigm.it
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-1799-5537

Pubblicazioni selezionate
1. Foster JC, Arkell R, Del Giudice M, Anene C, Lauria A, Kelly J, Lemoine R, Oliviero S, Cereda M*, Rajan P*. Dysregulation of splicing-related proteins in prostate cancer is controlled by FOXA1. bioRxiv. 2018.
2. Mourikis T, Benedetti L, Foxall E, J Perner J, Cereda M, Lagergren J, Howell M, Yau C, Fitzgerald R, Scaffidi P, Ciccarelli FD. Patient-specific detection of cancer genes reveals recurrently perturbed processes in esophageal adenocarcinoma. bioRxiv. 2018.
3. Cereda M, Gambardella G, Benedetti L, Iannelli F, Patel D, Basso G, Guerra RF, Mourikis TP, Puccio I, Sinha S, Laghi L, Spencer J, Rodriguez-Justo M, Ciccarelli FD. Patients with genetically heterogeneous synchronous colorectal cancer carry rare damaging germline mutations in immune-related genes. Nat Commun. 2016
4. Cereda M, Mourikis TP, Ciccarelli FD. Genetic Redundancy, Functional Compensation, and Cancer Vulnerability. Trends in Cancer. 2016
5. Cereda M, Pozzoli U, Rot G, Juvan P, Schweitzer A, Clark T, Ule J. RNAmotifs: prediction of multivalent RNA motifs that control alternative splicing. Genome Biol. 2014

Gruppo di ricerca
• Marco Del Giudice, Ph.D., post-doc (IIGM)
• Serena Peirone, Ph.D. student (IIGM, INFN)

Progetti in corso

1. Studio dell'eterogeneità e dell'evoluzione clonale dei tumori

2. Studio della regolazione dello splicing alternativo nel cancro per identificare nuovi bersagli terapeutici

3. Caratterizzazione di nuovi meccanismi molecolari responsabili dell'insorgenza e progressione del cancro

Link ai Progetti

Progetti inter-unitá

La genomica funzionale applicata alle neoplasie pediatriche: dalle mutazioni, alla funzione, alla terapia Link