Il Candiolo Genomics Centre è una partnership tra le Unità di Genomica dell’Istituto Nazionale Oncologico Candiolo (iNOC) e dell’Italian Institute for Genomics Medicine (IIGM). La missione principale del Centro è fornire servizi di sequenziamento e bioinformatica all’avanguardia ai gruppi di ricerca di iNOC e IIGM, nonché supportare la Biobanca di iNOC e progetti di sequenziamento clinico su larga scala. Il Centro offre inoltre i propri servizi di sequenziamento e bioinformatica a utenti esterni provenienti dal mondo accademico e dall’industria. Un’ulteriore importante missione del Centro è promuovere l’innovazione attraverso l’implementazione di workflow customizzati, con particolare focus sulla loro applicazione a campioni clinici complessi, come i tessuti FFPE.
Tipologia di servizi offerti
- Servizi di sequenziamento standard, tra cui sequenziamento dell’esoma (WES), del genoma (WGS) e RNA-seq su piattaforme Illumina.
- Servizi di sequenziamento specialistici, tra cui WGS con tecnologia Nanopore e sequenziamento diretto dell’RNA; saggi single-cell e spatial 10x Genomics; metagenomica.
- Servizi di bioinformatica, comprendenti demultiplexing e controllo qualità (QC), supporto bioinformatico end-to-end per progetti clinici e supporto per l’archiviazione e il deposito dei dati di sequenziamento in repository pubblici.
Principali tecnologie e piattaforme disponibili
- Piattaforme Illumina (NovaSeq 6000, NextSeq 500, MiSeq)
- Piattaforme Nanopore (PromethION 24, GridION)
- Piattaforme 10x Genomics (Chromium X, CytAssist)
- Sistemi robotizzati per high-throughput e miniaturizzazione (Biomek i7, Tecan Freedom EVO, Hamilton, I.DOT)
- Vizgen MERSCOPE per l’ibridazione a fluorescenza in situ (FISH) multiplexata per DNA e RNA
Tipologia di campioni accettati
- Acidi nucleici estratti da qualsiasi specie, incluso DNA microbico per studi di metagenomica
- Linee cellulari immortalizzate (umane e murine)
- PBMC e organoidi
- Tessuti congelati (fresh-frozen) e FFPE (umani e murini)