Il Candiolo Genomics Centre è una partnership tra le Unità di Genomica dell’Istituto Nazionale Oncologico Candiolo (INOC) e dell’Italian Institute for Genomics Medicine (IIGM). La missione principale del Centro è fornire servizi di sequenziamento e bioinformatica all’avanguardia ai gruppi di ricerca di INOC e IIGM, nonché supportare la Biobanca di INOC e progetti di sequenziamento clinico su larga scala. Il Centro offre inoltre i propri servizi di sequenziamento e bioinformatica a utenti esterni provenienti dal mondo accademico e dall’industria. Un’ulteriore importante missione del Centro è promuovere l’innovazione attraverso l’implementazione di workflow customizzati, con particolare focus sulla loro applicazione a campioni clinici complessi, come i tessuti FFPE.
Tipologia di servizi offerti
| STANDARD SERVICES | ||
| SERVICE | Service code | ACTIVITIES |
| Real-time qPCR | ST1 | RT-PCR |
| Digital Droplet qPCR | ST2 | Digital Droplet qPCR |
| Only QC (Bioanalyzer/Tape Station + Qubit) | ST3 | • Qubit [concentration] • Spectrometer [concentration and purity] • Bioanalyzer or TapeStation [integrity] |
| Only sequencing | ST4A | Illumina Sequencing |
| Only sequencing + Pool preparation | ST4B | • Pool preparation (libraries concentrations and QC provided by the user) + pool QC • Illumina Sequencing |
| Whole Genome Sequencing (WGS) | ST5 | QCs + Illumina DNA Prep + NovaSeq Sequencing |
| Whole Exome Sequencing (WES) | ST6 | Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment + NovaSeq Sequencing |
| TruSight Oncology 500 | ST7A | QCs + Covaris + TruSight Oncology 500 + NovaSeq Sequencing |
| TruSight Oncology HRD | ST7B | QCs + Covaris + TruSight Oncology 500 HRD + NovaSeq Sequencing |
| Total RNAseq | ST8 | QCs + Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus (or TruSeq Stranded Total RNA) + NovaSeq Sequencing |
| Poly(A) RNAseq | ST9 | QCs + Illumina Stranded mRNA Prep (or TruSeq Stranded mRNA Prep) + NovaSeq Sequencing |
| SPECIALIZED SERVICES | ||
| SERVICE | Service code | ACTIVITIES |
| Nanopore Services | ||
| Nanopore WGS 30X | SP1 | QC + Nanopore Library Prep + Sequencing |
| 10X Services | ||
| 10x Visium High-Definition (HD), CaptureArea6.5mm | SP2A | RNA extraction + QC + RT-PCR + Library Prep + QC + Sequencing |
| 10x Visium High-Definition (HD), CaptureArea11mm | SP2B | RNA extraction + QC + RT-PCR + Library Prep + QC + Sequencing |
| 10x scRNA-seq | SP3 | QC + Library Prep + Sequencing |
| 10x scATAC-seq | SP4 | QC + Library Prep + Sequencing |
| 10x Multi-ome | SP5 | QC + Library Prep + Sequencing |
| Other NGS Services | ||
| Plate-based scDNA-seq | SP6 | QC + Library Prep + Sequencing |
| Plate-based scRNA-seq | SP7 | QC + Library Prep + Sequencing |
| Library prep for ChIPseq/Cut&Run | SP8 | QC + Library Prep + Sequencing |
| Library prep for ATAC-seq | SP9 | QC + Library Prep + Sequencing |
| CUT-seq | SP10 | QC + Library Prep + Sequencing |
| Target sequencing with custom panel | SP14 | QC + Library Prep + Sequencing |
| Illumina Beadchips analysis | ||
| Illumina BeadChip Methylation Profiling | SP15A | Sodium Bisulphite conversion + BeadChip Analysis |
| Illumina BeadChip Genotyping | SP15B | BeadChip Analysis |
Principali tecnologie e piattaforme disponibili
- Piattaforme Illumina (NovaSeq 6000, NextSeq 500, MiSeq)
- Piattaforme Nanopore (PromethION 24, GridION)
- Piattaforme 10x Genomics (Chromium X, CytAssist)
- Sistemi robotizzati per high-throughput e miniaturizzazione (Biomek i7, Tecan Freedom EVO, Hamilton, I.DOT)
- Vizgen MERSCOPE per l’ibridazione a fluorescenza in situ (FISH) multiplexata per DNA e RNA
Tipologia di campioni accettati
- Acidi nucleici estratti da qualsiasi specie, incluso DNA microbico per studi di metagenomica
- Linee cellulari immortalizzate (umane e murine)
- PBMC e organoidi
- Tessuti congelati (fresh-frozen) e FFPE (umani e murini)
Team
- Nicola Crosetto, MD, PhD (Responsabile Scientifico)
- Simonetta Guarrera, MSc (Responsabile Operations)
- Alice Bartolini, PhD (Tecnico di Laboratorio / Genomica)
- Daniela Cantarella, PhD (Tecnico di Laboratorio / Genomica)
- Beatrice Fenoglio, MSc (Tecnico di Laboratorio / Automazione e Innovazione)
- Katiuscia Gizzi, BSc (Tecnico di Laboratorio / Genomica)
- Ottavio Lischio, MSc (Pipeline Developer / IT Specialist / Bioinformatica)
- Stefano Lise, PhD (Coordinatore dell’Unità di Bioinformatica)
- Barbara Martinoglio, PhD (Tecnico di Laboratorio / qPCR e ddPCR)
- Caterina Parlato, BSc (Tecnico di Laboratorio / Genomica)
- Roberta Porporato, PhD (Tecnico di Laboratorio / Tecnologie in situ)
- Francesca Taormina, MSc (Tecnico di Laboratorio / Genomica)